مطالعه‌ عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی در گاوهای سرابی

این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNP‌ها در بلوک‌های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک‌های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوک‌های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به‌دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک‌های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک‌های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می‌گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک‌های هاپلوتیپی استفاده شود